Zgodnie z ustawą z dnia 27 lipca 2005 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i Uchwałą Senatu Akademii Rolniczej Nr 45/2005 z dnia 20 maja 2005 r. oraz z założeniami Deklaracji Bolońskiej, od roku akademickiego 2006/2007 został wprowadzony dwustopniowy system nauczania na studiach stacjonarnych i niestacjonarnych.
Pierwszy stopień trwa 3 lata (sześć semestrów) na studiach licencjackich lub co najmniej 3,5 roku (siedem semestrów) na studiach inżynierskich i kończy się napisaniem pracy dyplomowej i egzaminem dyplomowym, a absolwenci w zależności od kierunku studiów uzyskują tytuł licencjata lub inżyniera. Absolwenci studiów pierwszego stopnia będą mogli kontynuować naukę na wybranym przez siebie kierunku uzyskując tytuł magistra lub magistra inżyniera.
Podobnie jak na większości wyższych uczelni w Polsce studiować u nas można na studiach stacjonarnych lub niestacjonarnych. Na studiach stacjonarnych zajęcia prowadzone są codziennie z wyjątkiem sobót i niedziel. Natomiast na studiach niestacjonarnych zajęcia realizowane są systemem 3-dniowych zjazdów (piątki, soboty i niedziele) kilka razy (5-8) w ciągu semestru. Na studiach niestacjonarnych część zajęć dydaktycznych odbywa się poprzez internet (e-learning), bez konieczności przyjeżdżania studentów do Uczelni.
Studia, zarówno stacjonarne jak i niestacjonarne, podzielone są na semestry: zimowy, trwający od października do końca stycznia i letni, trwający od końca lutego do czerwca. Aby kontynuować naukę na kolejnym semestrze, według programu studiów należy zaliczyć poprzedni. Przy tak zwanym indywidualnym toku studiów (ITS) student do pewnego stopnia decyduje o tempie w jakim odbywa studia i kolejności w jakiej zalicza przedmioty – bo chociaż nazwa brzmi indywidualny tok studiów to musi się on mieścić w programie przewidzianym dla danego kierunku. Jest to trudniejszy sposób na zdobycie dyplomu, ale coraz popularniejszy ze względu na pewien margines dowolności i poczucia niezależności. Student wraz z pracownikiem naukowym ustala program, który musi jeszcze zostać zatwierdzony przez dziekana danego wydziału. I wtedy zaczyna się najtrudniejsza część – student ITS musi sam konsekwentnie pilnować realizacji programu.
W chwili obecnej w Uniwersytecie Rolniczym istnieje 7 wydziałów oraz Jednostka Międzyuczelniana. Dziedzina wiedzy i techniki, którą zamierzacie studiować to „kierunek studiów”, jest ich aktualnie 32. Na kierunku może być jedna lub kilka specjalności studiów. W sumie w całej Uczelni funkcjonują 62 specjalności (I i II stopień).